1918-1920-ci illərdə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hökumətində müstəqil Azərbaycanın ilk Ticarət və Sənaye Nazirliyi fəaliyyət göstərib. 1920-1991-ci illərdə SSRİ-nin tərkibində olan Azərbaycan Sovet Sosialist Respublikasında iqtisadi məsələlər Ticarət, Sənaye və Ərzaq Komissarlığı, Ticarət və Sənaye Nazirliyi, Azərbaycan SSRİ Dövlət Plan Komitəsi kimi qurumlar tərəfindən tənzimlənib. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 30 aprel 2001-ci il tarixli Fərmanı ilə Dövlət Əmlakı Nazirliyi, İqtisadiyyat Nazirliyi, Ticarət Nazirliyi, Dövlət Antiinhisar Siyasəti və Sahibkarlığa Kömək Komitəsi və Xarici İnvestisiyalar Agentliyi ləğv edilib, onların bazasında İqtisadi İnkişaf Nazirliyi yaradılıb.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 22 oktyabr 2013-cü il tarixli "Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat və Sənaye Nazirliyinin yaradılması haqqında" Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının İqtisadi İnkişaf Nazirliyinin əsasında Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat və Sənaye Nazirliyi yaradılıb. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 15 yanvar 2016-cı il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat və Sənaye Nazirliyinin əsasında Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat Nazirliyi yaradılıb.
Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin 23 oktyabr 2019-cu il tarixli Fərmanı ilə İqtisadiyyat Nazirliyinin funksiyaları və strukturu genişləndirilib. Fərmanla Vergilər Nazirliyi, Əmlak Məsələləri Dövlət Komitəsi və Antiinhisar və İstehlak Bazarına Nəzarət Dövlət Agentliyi müvafiq dövlət xidmətləri statusunda İqtisadiyyat Nazirliyinin strukturuna daxil edilib. Dövlət başçısının 2019-cu il 30 dekabr tarixli Fərmanı ilə isə "Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat Nazirliyi haqqında Əsasnamə" təsdiq olunub.
